中科院上海昆虫博物馆研究部主要负责博物馆科学研究工作的组织和管理，同时也参与博物馆的科普宣传、对外咨询服务和教学工作。

研究部目前拥有昆虫图像信息采集系统（Olympus DP74和Nikon DS-RI2）、大型土壤动物收集平台、昆虫人工气候培养箱和超低温冰箱等科研设备，主要研究工作涉及昆虫系统分类、重金属污染对土壤动物多样性影响、昆虫多样性监测技术、滨海盐沼湿地昆虫多样性维持机制、外来入侵植物对昆虫多样性影响等领域。

研究部工作人员参与和承担了多项国家、省部级科研项目，包括科技部东部农区土壤动物多样性调查、国家青年科学基金、自然科学基金和上海市科委重大项目崇明花博会生态风险防控技术研究及应用等项目，并在Environmental Science and Pollution Research、Biological Invasions、Forest Ecology and Management、Basic and Applied Ecology、Journal of Insect Conservation、Estuarine, Coastal and Shelf Science、Zookeys和Zootaxa等学术刊物上发表诸多论文。